格納庫は、アクティブな機体を保管し、アップグレードを行う場所です。所持している機体の中から、格納庫に配置する機体を選択できます。進行ツリーから機体を選び、画面下部で置き換える機体を選択することで、利用可能な格納庫スロット間で自由に機体を入れ替えることができます。
格納庫スロットに配置された機体が戦闘で使用されます。各スロットは、前の機体が撃墜された際に追加の機体を出撃させることができます。最大で5つの格納庫スロットをアンロックでき、戦闘に最大5機の機体を持ち込むことができます。
また、戦闘中の機体の出撃順序を設定でき、1機が撃墜された際にどの機体が次に登場するかを決めることができます。